Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC (từ đây gọi tắt là Nghị định 254 và Thông tư 91) đang định hình lại cách nhiều doanh nghiệp tại Việt Nam tổ chức nghiệp vụ hóa đơn điện tử, không chỉ ở khâu phát hành mà xuyên suốt quá trình ghi nhận, xử lý và lưu trữ dữ liệu giao dịch.

Mỗi ngành có một chuỗi giao dịch riêng, một điểm phát sinh nghĩa vụ hóa đơn riêng và những yêu cầu khác nhau đối với dữ liệu, hệ thống và quy trình xử lý phía sau. Bài viết này sẽ phân tích cách các quy trình đó đang được tổ chức như thế nào đối với 3 nhóm ngành gồm logistics, bán lẻ/FMCG và y tế.

Logistics

Trong logistics, quy trình hóa đơn phụ thuộc nhiều vào loại hình dịch vụ và cách doanh nghiệp tổ chức dữ liệu vận tải. Với dịch vụ vận tải đường bộ trong nước, thông tin trên hóa đơn có thể gắn trực tiếp với dữ liệu của phương tiện và hành trình. Nghị định 254 tiếp tục yêu cầu thể hiện biển kiểm soát phương tiện và hành trình đối với nhóm dịch vụ này, nhưng loại trừ trường hợp doanh nghiệp vận tải hoặc cho thuê xe ký hợp đồng theo tuyến cố định. Với các hợp đồng thuộc trường hợp này, khi lập hóa đơn doanh nghiệp không phải lấy biển số và hành trình của từng chuyến để đưa lên hóa đơn; các giao dịch vận tải đường bộ khác vẫn đi theo luồng dữ liệu thông thường. 

Đối soát tiếp tục là một phần đáng kể trong quy trình hóa đơn của logistics, đặc biệt với các doanh nghiệp xử lý nhiều chuyến hoặc nhiều giao dịch cho cùng một khách hàng trong kỳ. Tuy nhiên, đây không phải cơ chế mới xuất hiện từ Nghị định 254. Nghị định 70 trước đó đã cho phép các dịch vụ có số lượng giao dịch lớn, phát sinh thường xuyên và cần thời gian đối soát với khách hàng hoặc đối tác, trong đó có logistics, bưu chính và chuyển phát, dịch vụ hỗ trợ vận tải, thương mại điện tử, viễn thông, ngân hàng, chuyển tiền quốc tế và chứng khoán, lập hóa đơn tại thời điểm hoàn thành đối soát. Với logistics, hóa đơn phải được lập chậm nhất vào ngày 7 của tháng sau tháng phát sinh dịch vụ hoặc trong vòng 7 ngày kể từ ngày kết thúc kỳ quy ước giữa các bên.

Nghị định 254 tiếp tục duy trì logic này và mở rộng cơ chế đối soát sang một số mô hình dịch vụ khác như công nghệ số, nền tảng số, bảo hiểm, quảng cáo điện tử, vận tải hành khách, tài sản mã hóa và giao dịch trên sàn các-bon. Điểm chung của các nhóm này là lượng giao dịch có thể lớn, phát sinh liên tục và giá trị cần lập hóa đơn thường chỉ được xác định đầy đủ sau khi dữ liệu từ nhiều giao dịch được tập hợp hoặc đối chiếu. Vì vậy, cơ chế lập hóa đơn sau đối soát giúp thời điểm lập hóa đơn bám sát hơn vào cách các dịch vụ này thực tế ghi nhận và chốt dữ liệu, thay vì buộc doanh nghiệp phải lập hóa đơn riêng ngay tại thời điểm từng giao dịch phát sinh.

Dữ liệu về cước, phụ phí và các khoản điều chỉnh có thể được tập hợp trước khi hai bên xác nhận giá trị dịch vụ cuối cùng. Tuy nhiên, không phải mọi hoạt động vận tải đều mặc nhiên được áp dụng. Chẳng hạn, với dịch vụ vận tải hàng hóa bằng đường bộ, cơ quan thuế đã hướng dẫn rằng doanh nghiệp chỉ áp dụng thời điểm lập hóa đơn sau đối soát khi hoạt động đó đáp ứng điều kiện kinh doanh dịch vụ logistics, đồng thời có số lượng giao dịch lớn, phát sinh thường xuyên và thực tế cần thời gian đối soát số liệu với khách hàng

Một cơ chế khác đáng chú ý hơn dưới Nghị định 254 và Thông tư 91 nằm ở dữ liệu giao dịch của một số dịch vụ logistics và vận tải cung cấp trực tiếp cho cá nhân là người tiêu dùng. Phạm vi này bao gồm bưu chính và vận chuyển trực tiếp phục vụ thương mại điện tử; vận tải hành khách công cộng bằng tàu điện, xe buýt; vận tải hành khách bằng taxi, xe hợp đồng, xe mô tô hai bánh; và dịch vụ trông giữ xe. Cơ chế Bảng thông tin chi tiết giao dịch không mặc nhiên áp dụng cho mọi doanh nghiệp thuộc các nhóm trên. Doanh nghiệp phải có hệ thống phần mềm quản lý chi tiết từng giao dịch và lưu trữ dữ liệu thu tiền theo từng giao dịch. Dữ liệu phải có khả năng truy xuất, đối chiếu và cung cấp cho cơ quan thuế khi được yêu cầu. Trên cơ sở dữ liệu chi tiết được lưu tại hệ thống, doanh nghiệp tổng hợp thông tin theo Mẫu số 01/TTGD tại Phụ lục III Thông tư 91/2026/TT-BTC và chuyển cho cơ quan thuế chậm nhất theo thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT tương ứng.

Cơ chế này cũng không đồng nghĩa doanh nghiệp đang lập hóa đơn riêng cho từng giao dịch bắt buộc phải chuyển sang một phương thức khác. Theo Nghị định 254, doanh nghiệp đã lập hóa đơn điện tử riêng cho từng giao dịch có thể tiếp tục duy trì cách làm đó. 01/TTGD tạo thêm một cơ chế quản lý và chuyển dữ liệu cho những mô hình đủ điều kiện, thay vì buộc toàn bộ doanh nghiệp logistics B2C chuyển sang lập hóa đơn tổng hợp.

Sự khác biệt nằm khá rõ ở nhịp xử lý dữ liệu. Với mô hình lập hóa đơn và truyền dữ liệu theo từng giao dịch hoặc từ máy tính tiền, dữ liệu có thể được gửi liên tục hoặc theo chu kỳ ngắn. Với doanh nghiệp áp dụng 01/TTGD, hệ thống phải giữ được dữ liệu chi tiết của từng giao dịch trong suốt kỳ, đồng thời có khả năng tổng hợp chính xác dữ liệu đó thành bộ thông tin gửi cơ quan thuế theo thời hạn khai thuế GTGT. Áp lực truyền dữ liệu tức thời vì thế có thể giảm, nhưng khâu lưu trữ, đối soát và kiểm soát tính đầy đủ của dữ liệu trước thời điểm gửi lại trở nên quan trọng hơn.

Bán lẻ / FMCG

Trong bán lẻ và FMCG, nghiệp vụ hóa đơn diễn ra ở tốc độ và quy mô khác đáng kể so với các mô hình B2B. Giao dịch thường được ghi nhận ngay tại cửa hàng, quầy thanh toán, POS hoặc nền tảng thương mại điện tử; thông tin về hàng hóa, giá bán, khuyến mại, người mua và phương thức thanh toán được hình thành gần như cùng lúc. Vì vậy, cách hệ thống bán hàng thu thập và phân loại dữ liệu có ảnh hưởng trực tiếp đến hóa đơn được tạo sau đó.

Một trong những điểm đáng chú ý dưới Nghị định 254 là phạm vi sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền. Theo quy định trước đó tại Nghị định 70, doanh nghiệp có hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng, trong đó có trung tâm thương mại, siêu thị và bán lẻ, thuộc nhóm sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền kết nối dữ liệu với cơ quan thuế. Nghị định 254 làm rõ rằng tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã hoặc hóa đơn điện tử không có mã theo quy định thì không bắt buộc phải chuyển sang đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.

Với doanh nghiệp bán lẻ, quy định này tạo ra nhiều hơn một mô hình vận hành hợp lệ. Một chuỗi đã tích hợp POS với hệ thống hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã có thể tiếp tục duy trì mô hình hiện tại nếu đáp ứng quy định, thay vì phải xây dựng lại toàn bộ luồng phát hành hóa đơn chỉ để chuyển sang hóa đơn khởi tạo từ máy tính tiền. Ngược lại, với mô hình sử dụng hóa đơn từ máy tính tiền, dữ liệu bán hàng được tạo ngay tại điểm giao dịch và chuyển sang hệ thống hóa đơn theo cơ chế tương ứng. Sự lựa chọn hình thức hóa đơn vì thế gắn trực tiếp với kiến trúc hệ thống bán hàng, đặc biệt ở các chuỗi có nhiều cửa hàng và lượng giao dịch lớn.

Thông tin người mua là một điểm kiểm soát khác ngay tại thời điểm thanh toán. Nghị định 254 quy định hóa đơn điện tử phải có tên, địa chỉ, mã số thuế hoặc số định danh cá nhân của người mua theo trường hợp áp dụng. Với người mua là cá nhân tiêu dùng, nếu khách hàng không cung cấp các thông tin nhận diện theo quy định, hóa đơn có thể thể hiện theo cơ chế dành cho người tiêu dùng thay vì buộc nhân viên thu ngân phải thu thập đầy đủ dữ liệu cho mọi giao dịch.

Điều này đặc biệt quan trọng với mô hình vừa phục vụ khách lẻ vừa phục vụ khách hàng mua hàng cho doanh nghiệp. Hai giao dịch có thể phát sinh tại cùng một POS nhưng nhu cầu dữ liệu khác nhau. Một khách hàng cá nhân mua hàng để tiêu dùng có thể không cung cấp thông tin chi tiết, trong khi khách hàng mua cho tổ chức cần hóa đơn đủ thông tin để phục vụ hạch toán và thuế. Việc phân loại vì thế phải diễn ra ngay tại điểm bán hoặc trong luồng checkout trực tuyến, trước khi hóa đơn được tạo. Nếu khách hàng chỉ yêu cầu bổ sung thông tin sau khi giao dịch đã hoàn thành, doanh nghiệp có thể phải quay lại xử lý hóa đơn đã lập hoặc truy xuất lại dữ liệu từ hệ thống bán hàng.

Nghị định 254 cũng xử lý một tình huống thực tế của các điểm bán hoạt động vào ban đêm. Với người bán không có phần mềm lập hóa đơn tự động và phát sinh giao dịch trong giờ làm việc ban đêm theo quy định của pháp luật lao động, hóa đơn được lập chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo. Điều kiện nằm ở việc người bán không có phần mềm tự động lập hóa đơn và giao dịch thực tế phát sinh trong khung thời gian làm việc ban đêm. Vì vậy, với các hệ thống POS đã tự động tạo hóa đơn khi giao dịch hoàn tất, luồng xử lý vẫn diễn ra theo cơ chế của hệ thống; ngoại lệ chủ yếu giải quyết những mô hình còn phải thực hiện bước lập hóa đơn sau giao dịch bằng thao tác thủ công.

Tác động vận hành của ngoại lệ này nằm ở việc tách thời điểm bán hàng khỏi thời điểm hoàn tất thao tác lập hóa đơn trong một phạm vi rất cụ thể. Giao dịch vẫn phải được ghi nhận đầy đủ tại POS hoặc hệ thống bán hàng trong ca làm việc, nhưng hóa đơn của những trường hợp đủ điều kiện có thể được xử lý vào ngày làm việc tiếp theo. Điều đó đòi hỏi doanh nghiệp duy trì được danh sách giao dịch chưa lập hóa đơn, liên kết chính xác chúng với ca bán hàng tương ứng và tránh để giao dịch bị bỏ sót hoặc lập trùng khi hệ thống được xử lý vào ngày hôm sau.

Đối với thương mại điện tử và mô hình bán hàng đa kênh, dữ liệu còn có thể được hình thành ngoài hệ thống POS truyền thống. Đơn hàng, thông tin người mua, chương trình khuyến mại, phí vận chuyển, phương thức thanh toán và trạng thái hoàn tất giao dịch có thể nằm trên website, ứng dụng hoặc nền tảng thương mại điện tử trước khi được chuyển về ERP và hệ thống hóa đơn. Trong trường hợp này, chất lượng dữ liệu hóa đơn phụ thuộc vào khả năng duy trì cùng một định danh giao dịch xuyên suốt từ đơn hàng đến thanh toán và phát hành hóa đơn.

Y tế

Trong lĩnh vực y tế, khung hiện hành tiếp tục kế thừa cơ chế đã có từ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và được điều chỉnh qua Nghị định 70/2025/NĐ-CP, theo đó cơ sở khám chữa bệnh có phần mềm quản lý khám chữa bệnh và viện phí, lưu được từng giao dịch và phiếu thu trên hệ thống công nghệ thông tin, có thể xử lý hóa đơn theo hai nhánh: lập hóa đơn ngay khi người bệnh yêu cầu hoặc tổng hợp lập hóa đơn cuối ngày đối với các trường hợp không có nhu cầu lấy hóa đơn.

Với người bệnh yêu cầu hóa đơn điện tử, cơ sở khám chữa bệnh phải lập và giao hóa đơn ngay, không chờ đến cuối ngày. Vì vậy, hệ thống thông tin bệnh viện cần ghi nhận ngay từ đầu yêu cầu lấy hóa đơn và thông tin người mua, sau đó tách giao dịch này khỏi nhóm sẽ được tổng hợp cuối ngày. Việc xử lý cũng phải phân biệt giữa người bệnh cá nhân, người nước ngoài và trường hợp doanh nghiệp hoặc tổ chức là bên thanh toán để tránh mất hoặc sai thông tin khi dữ liệu được chuyển sang hệ thống hóa đơn.

Ngược lại, với người bệnh không có nhu cầu lấy hóa đơn, cơ sở y tế được tổng hợp các dịch vụ thực hiện trong ngày để lập một hóa đơn điện tử cuối ngày nếu đồng thời đáp ứng các điều kiện về phần mềm quản lý khám chữa bệnh, quản lý viện phí theo từng giao dịch và lưu phiếu thu trên hệ thống. Dữ liệu tổng hợp không thay thế dữ liệu chi tiết: từng giao dịch và từng phiếu thu vẫn phải được lưu để phục vụ đối soát và giải trình khi cần.

Trước khi phát hành hóa đơn tổng hợp cuối ngày, dữ liệu cần được đối chiếu giữa ba nguồn gồm hệ thống thông tin bệnh viện, phiếu thu hoặc dữ liệu viện phí và dữ liệu hóa đơn điện tử. Việc đối soát này nhằm phát hiện giao dịch bị thiếu, thừa hoặc ghi nhận trùng trước khi hóa đơn được ký số và phát hành. Với cơ sở y tế có số lượng bệnh nhân lớn, đây là bước kiểm soát quan trọng vì một sai lệch nhỏ trong quá trình tổng hợp có thể ảnh hưởng đến toàn bộ hóa đơn cuối ngày.

Đối với khám chữa bệnh có bảo hiểm y tế, phần chi phí do người bệnh đồng chi trả và phần do cơ quan bảo hiểm xã hội thanh toán đi theo hai luồng khác nhau. Phần đồng chi trả có thể được xử lý cùng luồng khám chữa bệnh thông thường, trong khi phần thuộc phạm vi bảo hiểm y tế chỉ được lập hóa đơn cho cơ quan bảo hiểm xã hội tại thời điểm cơ quan này thực hiện thanh, quyết toán chi phí khám chữa bệnh. Về vận hành, HIS phải tách hai nguồn thanh toán ngay từ đầu để tránh lập sai thời điểm hoặc gộp nhầm phần chi phí của người bệnh với phần chờ thanh quyết toán từ bảo hiểm xã hội.

Hoạt động bán thuốc và vật tư y tế tại nhà thuốc trong bệnh viện lại không đi theo cơ chế tổng hợp cuối ngày của dịch vụ khám chữa bệnh. Do đây là hoạt động bán hàng hóa, nên thời điểm lập hóa đơn được xác định theo thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa, không phụ thuộc vào việc đã thu tiền hay chưa. Vì vậy, luồng bán hàng tại nhà thuốc cần được tách khỏi luồng HIS dành cho khám chữa bệnh; tùy mô hình vận hành, giao dịch có thể được ghi nhận qua POS hoặc hệ thống tính tiền và áp dụng hình thức hóa đơn tương ứng.

Điểm mới rõ hơn từ Nghị định 254 nằm ở thông tin người mua trên hóa đơn. Trước đây, khi người mua không cung cấp đầy đủ thông tin, hóa đơn thường được xử lý theo các cách thể hiện như “Không lấy hóa đơn” hoặc “Khách lẻ”. Nghị định 254 thay bằng cách thể hiện “Bán cho người tiêu dùng” và đồng thời làm rõ rằng loại hóa đơn này không được sử dụng để tổ chức hoặc doanh nghiệp hạch toán chi phí hay quyết toán thuế. Điều này khiến HIS và hệ thống hóa đơn phải phân biệt rõ trường hợp người bệnh cá nhân không cung cấp thông tin với trường hợp doanh nghiệp hoặc tổ chức là bên thanh toán hoặc có yêu cầu lấy hóa đơn riêng.

Kết luận

Những khác biệt trong nghiệp vụ hóa đơn của ba nhóm ngành cho thấy việc tuân thủ không chỉ phụ thuộc vào khả năng phát hành hóa đơn của phần mềm, mà còn ở cách doanh nghiệp xác định và xử lý từng loại giao dịch. Khi rà soát quy trình hiện tại, doanh nghiệp cần làm rõ ba vấn đề: giao dịch thuộc trường hợp áp dụng nào, dữ liệu đầu vào đã đáp ứng yêu cầu lập hóa đơn hay chưa, và những bước kiểm soát nào cần được thực hiện để bảo đảm hóa đơn được lập đúng thời điểm, đúng thông tin và có thể đối soát với giao dịch gốc.

Đọc thêm:

1. Nghị định 254 và Thông tư 91: Nghiệp vụ hóa đơn trong sản xuất và BFSI
2. Chuyển đổi hóa đơn điện tử cho chuỗi bán lẻ 500+ điểm bán